Elle est tout d’abord vendue comme bien national, mais avec un peu de retard. Il a en effet fallu que la France passe un accord avec l’Ordre souverain de Malte, propriétaire de Jalès. Ce n’est donc qu’en 1793 que la vente a lieu.
Enchères à la bougie à Privas qui se soldent par l’attribution à un certain Pierre Imbert pour la somme de 170100 livres. Le bien est ensuite rapidement revendu à divers paysans qui se serviront des différentes parties de la commanderie comme lieu d’habitation ou comme bâtiment agricole.
C’est ainsi qu’au cours du temps la chapelle sera cloisonnée et dotée d’une mezzanine, et que de nouvelles ouvertures seront pratiquées pour les besoins de l’exploitation. Le cellier sera lui aussi cloisonné. Des bâtiments nouveaux seront installés le long de l’enceinte de la commanderie.
L’exploitation connaît les divers aléas agricoles du 19e siècle, de l’âge d’or de la soie à la catastrophe du phylloxéra. De successions en ventes, Jalès change de propriétaires.
Le 20e siècle voit la famille Blanc habiter la plus grande partie de la commanderie, celle agrandie par Laubérivière. Sans héritier, le dernier représentant de la famille cède l’immeuble en viager au département de l’Ardèche par l’intermédiaire du Syndicat Départemental d’Equipement de l’Ardèche.
Après la mort de M. Blanc, le département propose, en 1984, au préhistorien Jacques Cauvin d’installer son laboratoire, l’Institut de Préhistoire Orientale, dans la commanderie. Sous sa direction, ce département du CNRS fouille l’histoire de cette époque déterminante où l’homme, pour sa subsistance, passe progressivement de la chasse et de la cueillette à l’agriculture et à l’élevage. Le champ d’investigation sur lequel travaille l’IPO se situe au proche Orient, entre Irak, Liban, Syrie et Anatolie, dans cette région que l’on nomme le « Croissant fertile ». Parallèlement à cette implantation, une association se crée, l’association Pierre Richard, qui entre autres attributions, animera la commanderie pendant quelques années, la faisant visiter et y organisant conférences et manifestations comme ce fut le cas lors du bicentenaire de la révolution. Après quelques années de mise en sommeil de l’association Pierre Richard, c’est aujourd’hui l’association des Amis de la Commanderie Templière de Jalès qui anime les parties publiques des lieux.
Clin d’œil de l’histoire : l’Institut de Préhistoire Orientale, présent à Jalès, travaille sur des terres qu’ont traversées les premiers croisés et qu’a certainement connues Guillaume de Riaillac le tout premier commandeur de Jalès ; la boucle est bouclée !